1850 erhielt das Ägyptische Museum seinen Standort im eigens dafür erbauten Neuen Museum auf der Museumsinsel.
In den folgenden Jahren erweiterten sich die Sammlungsbestände durch Ankäufe, Schenkungen und Grabungen. Die bedeutendste Grabung wurde von 1911 bis 1914 in Amarna durchgeführt, deren Fundstücke die Sammlung wesentlich bereicherten.
Zweiter Weltkrieg
Der Zweite Weltkrieg hatte schwerwiegende Folgen für die Sammlung. Das Neue Museum wurde stark beschädigt. Zahlreiche Stücke verbrannten. Die verbliebenen Exponate wurden ausgelagert, und es kam nach dem Krieg zu einer Teilung der Sammlung.
Die aus der Sowjetunion zurückgekehrten Werke bezogen 1958 das Bode-Museum. Dort wurden in der Ausstellung vor allem Kultur und Religion des Pharaonenreiches gezeigt. Große Reliefzyklen aus Pyramidentempeln des 3. Jahrtausends v. Chr. und Grabkammern, Kolossalstatuen von Göttern und Königen, Sarkophage, bemalte Särge und Mumienmasken führten die Besucher in die Glaubenswelt und das Weltverständnis der alten Ägypter ein.
Installationen zur Kulturgeschichte gaben Einblick in den Alltag vor Jahrtausenden. Die Papyrussammlung zeigte neben Klassikern der altägyptischen Literatur illustrierte Totenbücher bis hin zum christlichen und arabischen Schrifttum.
Die aus Westdeutschland zurückgekehrten Exponate erhielten erst 1967 nach dem Umbau des Gebäudes der ehemaligen Königlichen Leibwache in Charlottenburg einen eigenen Ausstellungsbereich. Zuvor waren die Nofretete-Büste und einige ausgewählte Kunstwerke seit 1956 im Museum in Dahlem präsentiert worden.
Mitte der 1970er Jahre wurde der Ausstellungsbereich durch Einbeziehung des angrenzenden Marstalls erheblich erweitert. Dadurch konnte 1977 das aus zahlreichen Reliefblöcken zusammengesetzte Tor des Kalabascha-Tempels im Museum aufgestellt werden. Es war ein Geschenk der Republik Ägypten an die Bundesrepublik zum Dank für die Beteiligung des Deutschen Archäologischen Institutes an der Rettung der vom Assuan-Stausee bedrohten Tempel.
Wiedervereinigung
Nach der organisatorischen Wiedervereinigung aller getrennten Sammlungen der Staatlichen Museen unter dem Dach der Stiftung Preußischer Kulturbesitz behielt das Ägyptische Museum zunächst beide Standorte. Die Ausstellungskonzepte wurden aufeinander abgestimmt: in Charlottenburg wurde die ägyptische Kunst mit der Amarna-Sammlung als Kernstück, im Bode-Museum die Religions- und Kulturgeschichte sowie die Sudan-Abteilung und die Papyrussammlung gezeigt.
Wegen Baumaßnahmen wurde das Bode-Museum 1998 geschlossen (Wiedereröffnung Herbst 2006 mit Skulpturensammlung, Byzantinischer Kunst und Teilen der Gemäldegalerie). Ein Teil der Bestände wurde Mitte Juli 1998 in die Charlottenburger Präsentation integriert.
Achtzig Jahre nach den Grabungen in Amarna wurden die Feldforschungen wieder aufgenommen. 1995 startete, finanziert von der Deutschen Forschungsgemeinschaft und unterstützt durch den Förderverein des Ägyptischen Museums, in Naga im Nordsudan ein Grabungsprojekt, bei dem u. a. der große Amun-Tempel und die Hathor-Kapelle ausgegraben und restauriert werden.
Ende Februar 2005 wurde aufgrund von geplanten Sanierungsarbeiten am Gebäude die Ägyptische Ausstellung in Charlottenburg geschlossen. Während im Kulturforum am Potsdamer Platz die Sonderausstellung 'Hieroglyphen um Nofretete' präsentiert wurde, zog die Sammlung in das Alte Museum auf die Museumsinsel um. Finanziell ermöglicht durch das Kuratorium Museumsinsel konnte sich das Ägyptische Museum in neuer Konzeption und Gestaltung präsentieren bis zu seinem endgültigen Umzug in das Neue Museum im Oktober 2009.